该剧分为《九阴真经》《东邪西毒》《南帝北丐》《五绝争锋》四个单元。《九阴真经》单元讲述了海商之女梅若华，少时遭奸人灭门，自此背负血海深仇。她因缘际会拜师桃花岛，从此改名梅超风，并与师兄陈玄风暗生情愫。梅超风一心想修习绝世武功复仇，误以为黄药师私藏《九阴真经》不愿传授，梅陈二人情根深种，定情盟誓，决定携手盗取经书，叛逃出岛。二人练成九阴白骨爪，黑风双煞，一战成名，却注定无法长相厮守。《东邪西毒》单元讲述了黄药师、欧阳锋，两个初涉江湖之怪人，一个逍遥近似仙，一个天真如孩童，亦敌亦友，亦正亦邪，他们用自己的规则打破江湖秩序，掀起一场云谲波诡的乱世纷争。《南帝北丐》单元讲述了逃婚出宫的大理世子段智兴与丐帮弟子洪七一见如故，乌蛮女子依火误将洪七当作和亲对象，一场乌龙成就命定缘分。洪七因缘际会习得神功，成为丐帮帮主，昔日父辈深仇却引兄弟反目，“一阳指”对上“降龙十八掌”，石破天惊 ！《五绝争锋》单元讲述了绝世武功秘籍《九阴真经》重现，引江湖厮杀，少女葭兰意外成为寻经“活地图”，遭各路人马穷追不舍，更结识黄药师、欧阳锋、段智兴与洪七等当世高手。众人约定华山论剑，天下第一者得《九阴真经》，最终全真教王重阳力压群雄。此时幕后黑手现身，一场捍卫武林正义的决战就此引发。
《九阴真经》进一步探索、补全了梅超风这个角色的前世今生。
在这里她出身在商贾之家，七岁那年遭叛徒邱云海灭门洗劫，年幼的她也被卖入了勾栏院，一夜之间从天堂落至地狱。
她在勾栏院中长大，痛苦成为了成长的底色，亲眼目睹家人惨死的她，一心只有仇恨。
成长之后，她再遇邱云海，胸中满是仇恨，以至于被黄药师收留入住桃花岛，也全力学武一心复仇。
迟来的关怀和情谊能给她一时温暖，却无法磨平心中的执念，复仇又滋生了后续的各种悲剧。
这里面有个情节设置很妙，当年屠人满门的邱云海，侵吞了梅家产业在各种运作下反而成为了江湖上有头有脸的名门正派。
而梅超风和陈玄风则因为杀了“正派”，而被冠以邪道之名，成为黑风双煞，也因此连上了与江南七怪的仇怨，以及儿时郭靖杀死陈玄风的原著剧情。
也因为是反派视角，给这个故事注入了更多不同的观感，相对于传统正派主角身上必备的“正当性”，梅超风在这里做了很多错事，甚至因此造成了很多极其负面的影响，观众在共情的同时也难免扼腕遗憾。
甚至可以说，这里提供了一个梅超风为什么会“变坏”的叙事视角，被害人和加害人的双重身份叠加，让原著中那个悲剧角色更具血肉。
剧中黄药师和冯衡的故事线也做了一些改编。
首先是冯衡在剧情中的重要性被加重，收留梅超风、点化梅超风都由她来主导。
也因此冯衡和梅之间的情感变得很值得细品，女性角色之间的共情，让人感动的同时也消解了一部分原著黄梅师徒情带来的别扭感。
然后是黄药师，这里更突出他的深情沉稳，宗师风骨与深邃哲理性也同时并存。
冯衡和黄药师之间的伉俪情深，很让人感动，一个不惜一切要为妻子治病，另一个则身体到了极限依然要为丈夫默写《九阴真经》。
片中桃花岛武学的精髓是道法自然，师父让弟子感受风、感受海浪，生活中的方方面面都是一种修行，而古书中也同时暗藏武功修习的奥秘。
有种结合传统文化而迸发的人文精神。
另一方面则是放下执念活好当下。
一心复仇的梅超风，被师父师娘劝说放下执念，但她依然心向复仇，最终造成了苦果。
剧中还出现了《东邪西毒》里的经典台词：“看到一座山，就想知道山的另一面是什么”，然而山的后面不一定是自己想要看到的风景。
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